نام شهر بخارا در شکل باستانیاش «بِهار» یا «ویخار» بوده که از پیشوند «وی-» و فعل «*هَرِتی/ *خَرِتی» به معنای پیشکش کردن تشکیل یافته و روی هم رفته « محل پیشکش به خدایان، معبد» معنی میداده است. بنابراین این شهر از ابتدای کار مرکزی دینی بوده که معبدهایش و آیین پیشکش به خدایان در آن اهمیت داشته است. احتمالا کلمهی سانسکریت हार (هار: گردنبند، تاج گل) و हारि (هاری: رشتهی مروارید) هم از همینجا مشتق شده و مشتقهای دیگر آن نیز از همین بن برخاستهاند که عبارتند از: «هارَه» (تاج گل) پراکریت، «هارَه» (گردنبند) سندی، «هار» (تاج گل) پنجابی و گجراتی، «هارا» (رشته مروارید، گردنبند) هندی، «هار» (تسبیح، رشتهی مروارید) پارسی و پشتون. احتمالا همهی این کلمات با نام «بخارا» خویشاوند هستند.
قدمت شهر بخارا به قرن ششم پ.م میرسد و بنابراین همزمان با چیرگی کوروش بر این منطقه تاسیس شده است. یعنی به احتمال زیاد بنیانگذار آن کوروش و توسعه دهندهاش داریوش نخست بوده است. نام بخارا تا قرن سوم هجری به سراسر این منطقه اطلاق میشده و تنها بعد از آن است که به طور خاص به شهر بخارای امروزین اشاره میکند. محمد بن جعفر نرشخی در «تاریخ بخارا» میگوید خودِ شهر اسمهای متفاوتی داشته و در سراسر خراسان بزرگ شهری نبوده که این همه نام گوناگون به خود پذیرفته باشد. به گزارش او شهر در قدیم «نومیجکَت» و «بومیسکَت» نامیده میشده که احتمالا شکل اصلیاش «بومیکَنْت» (شهر روشن) بوده است. اعراب هم آنجا را «مدینه التُجّار» و «مدینه الصُفْریاء» (شهر مس) مینامیدهاند
جوینی میگوید این نام از «ویهار/ بِهار» به معنای معبد بودایی گرفته شده و بتکده معنی میداده است. بخارا یکی از کهنترین مراکز ترویج دین بودایی بوده و قدمتش به دوران خود بودا باز میگردد. بنابراین احتمالا این نام حدود یک قرن پس از تاسیس شهر و در میانهی قرن پنجم پ.م که بودا تبلیغ دینش را شروع کرد، دربارهاش باب شده باشد.
نام این ناحیه-شهر در زبانهای گوناگون همچون مشتقی از همین نام ثبت شده است: «ویهارَه» سانسکریت و پراکریت و پالی، «برغار» سغدی، «بوخارا» (معبد بودایی) اویغوری، «بوخاری» (معبد بودایی) و 捕喝 (بوهِه/ پوهِه: بخارا) چینی کلاسیک، 布哈拉 (بوهالا: بخارا) چینی نو، «بُهار» (بتکده) عربی، «بُخورُو» ازبکی، बुख़ारा (بوخارا) هندی. در اروپا این نام در سال ۱۴۸۳م. با منظومهی حماسی «اورلاندو اینّامورانتو»[1] شهرت پیدا کرد و سرایندهاش ماتئو ماریا بویاردو[2] آن را Albracca نامیده و نوشته که مرکز ختای بوده است. از میانهی قرن نوزدهم که بازی بزرگ بین دو نیروی استعمارگر روس و انگلیس بر سر ایران شرقی آغاز شد، نام دقیقتر این شهر یعنی Bukhara در زبانهای اروپایی تثبیت شد.
در زبان پارسی «فرخار» صورتی دیگر از بخاراست که از سغدی گرفته شده، و «بخاری» که لقب چندین محدث و دانشمند مشهور بوده به آنجا ارجاع میدهد. نام خانوادگیای که ملکالشعرای بهار برای خود برگزیده هم از شکل باستانی «بخارا» و «بَهار» به معنای «بتکده» گرفته شده است. چون ملکالشعرا خاندان پدریاش (صبوری) را برخاسته از آن شهر میدانست.