کهنترین ثبت از نام بلخ در اوستا دیده میشود که به صورت «باخْذی» است، و احتمالا از نام رود «بَخْدْری» در نزدیکی این شهر گرفته شده که شاخهای از آمودریاست. این جاینام از بن پیشاهندواروپایی «*bhag» و ریشهی آریایی «*بَگ/ *بَخ» به معنای «دوشاخه شدن، از هم جدا شدن» گرفته شده و محل انشعابی در آمودریا بوده است.
این نام در زبانهای کهن و نوی ایرانی به شکلهای گوناگون ثبت شده است: iDxAb (باخْذی) اوستایی، 𐎲𐎠𐎧𐎫𐎼𐎡𐏁 (باخْتْری) پارسی باستان، 𒁀𒀝𒋻𒊑𒆜 (بَکْتاریش) و 𒁀𒀝𒌉𒊑𒆜 (بَکْتوریش) ایلامی هخامنشی، 𒁀𒀀𒄩𒋫𒅈 (باخَتَر) و 𒁀𒄴𒋻 (بَخْتَر) و 𒁀𒄴𒋾𒅕 (باخْتیر) اکدی بابلی هخامنشی، (باخْترو) مصری باستان، «بَهْل» سانسکریت، «بَخْل» پهلوی، baclo (بَخْلُو) بلخی، «بَخْل» سغدی، «بَهْل» ارمنی، «بلخ» پارسی و پشتون و ترکی.
این نام در زبانهای دیگر هم وامگیری شده است: baktria (باکْتْریا) یونانی، Bactria لاتین، Bactria (اواخر قرن چهاردهم) انگلیسی، «باهیهی» چینی کهن، «پوهُو» (۶۲۹م.) چینی.
بلخ از دیرباز به خاطر معبدهای چشمگیر و مرکزیتش در دین زرتشتی و بودایی و بعدتر مانویت و اسلام شهرت داشته و از نظر فنی هم فلزکارانی نامدار داشته و مرکز ساخت زره و سلاح به حساب میآمده است. کلمهی پارسی قدیم «بَگتَر» (زره با روپوش زربفت) منسوب به بلخ است که در زبانهای دیگر هم وامگیری شده است: «باگْتار» (زره مرغوب) ترکی، «بِگْتِر» (زره) مغولی، «بَخْتَر» (قلاب، چنگک) آسی
به نظرم نام «سَمبْهالا/شَمبالا» که در متون بودایی و ویشنو پورانا اسم شهری مقدس و اساطیری است هم به بلخ اشاره میکند و نامی دیگر برای این منطقه بوده است. بخش نخست آن «سَم/ شَم-» احتمالا همان پیشوند «هم-» است و بخش دوم آن همان «بلخ» است. نام این شهر اساطیری در طیفی وسیع از متون و زبانها تکرار شده است: शम्भल (سَمْبْهالا) سانسکریت، བདེ་འབྱུང (بْدِهبْیونگ) تبتی، 香巴拉 (شیانگبالا) چینی، Xembala پرتغالی، Shambhala انگلیسی و فرانسوی.
در قرن بیستم در میان شرقشناسان چند نظریه دربارهی نام «شمبالا» شکل گرفت که تخیلی است. مثلا الکساندر دیوید نِل که راهبی بوداییست میگوید شکل اصلی این نام «شمع بالا» بوده که به بلخ بامیان (یعنی بلخ روشن) اشاره میکرده است. ج. گ. بنت که از پیروان مکتب گورجیف است میگوید اصل این کلمه «شمس بلخ» بوده و درویشی به نام ادریس شاه را منبع این گفتار میداند.
در سنت هندویی بلخ محل زاده شدن کالکی است که آخرین جلوه و تناسخ ویشنو است و دورانی نو در تاریخ هستی را آغاز میکند. در سنت بودایی این شهر روحانی محل تولد مهربودا (مِیْتْرِیَهبودْها) است که به همین ترتیب ناجی آخرالزمان است. این روایتها آشکارا وامگیریایست از مضمون سوشیانس زرتشتی و نشان میدهد که اشارهی جغرافیاییاش قاعدتا به بلخ بوده است که مرکز انتشار این دین در ایران شرقی بوده است.
نام «بلخ» در شعر و ادب پارسی با بسامدی بسیار بالا به کار گرفته شده و این نشانگر قدمت و اهمیت این شهر است.
فردوسی: «بگفت آن سخنهای ناپاک و تلخ که آمد سپهبد سیاوش به بلخ»
خیام: « چون عمر به سر رسد چه شیرین و چه تلخ پیمانه چو پر شود چه بغداد و چه بلخ
می نوش که بعد از من و تو ماه بسی از سَلخ به غٌرّه آید از غره به سلخ»
جالب آن که نظامی در بیتی همان صفت اوستایی برای بلخ را پس از دو هزار سال به کار میگیرد:
«ز مرو شاهجان تا بلخ بامی شد آواز نشاط و شادکامی»