ریشهی پیشاهندواروپایی «*kav» به معنای «چاک خوردن، شکافتن» به احتمال زیاد خاستگاه این واژه است و این نظر بیلی و آیلرس است که پذیرفتنی مینماید. این ریشه خویشاوند «*kel» به معنای «شکاف و سوراخ» است که در مدخل «سوراخ» دربارهاش بحث شده و واژگان اروپایی برآمده از این تبارنامه آنجا آمده است. در این بین البته نظر فیسک را هم داریم که «کون» را از بن «*کَو» مشتق میداند که پیشوند تحقیر برای اشاره به چیزهای پست است و در زبانهای اروپایی هم چنین کلماتی را پدید آورده است: kaunos (کَونُس: بد، زشت) یونانی، hauns (پایین، پست) گتی، kauns (خفت، ننگ، شرم) لتونیایی، Hohn (ننگ) آلمانی. شفلوویتس هم میگوید این واژه از ریشهی پیشاهندواروپایی «*skeu/ *keu» به معنای «پوشاندن» گرفته شده و آن را با cunnus لاتین و kuja لتونیایی به معنای «آلت زنانه، کس» خویشاوند دانسته است. اما همان نظر اولی درستتر به نظر میرسد.
در زبانهای آریایی بن «*kav» به ریشهی «*کو» تبدیل شده و «حفره، سوراخ کردن» معنی میدهد. در زبانهای کهن ایرانی از این بن چنین واژگانی را سراغ داریم: «کُومیک» (شکم، در اصل یعنی: توخالی) پهلوی، «کْهونا» (سوراخ) ختنی، «کْهونَکَه» (حفره، سوراخ) سکایی، «کینْک» (کون) طبری،
در پارسی از این ریشه چنین کلماتی برآمدهاند: «کون»، «کونی»، «کونگشاد»، «کونپاره»، «کونکش»، «کونه [پا]»، «کونخیز»، «کونده»، «کنج». در پارسی قدیم هم این کلمات خویشاوند را داشتهایم: «کولیدن» (کندن و کاویدن زمین)، «کونَستَه» (کفلها، سُرین)، «خُنگ» (گوشه، زاویه)، «کومِش» (چاهکن).
اسم شهر و سرزمین «کومِش/ قومِس» هم به نظرم از همینجا مشتق شده باشد که امروز کمابیش با سمنان برابر میافتد. همچنین است «قین» که در پارسی عامیانه و برخی گویشهای ایرانی به معنای «کون» به کار میرود و قاعدتا تحریف همین کلمه است.
این ریشه در سایر زبانهای زندهی ایرانی هم این کلمات را پدید آورده است: «کون» کردی، «کونَه» (سوراخ) و «قینْگَه» (کون) گورانی، «کین/ کون» (کون) بلوچی، «کوم» (کنج، گوشه) و «کُسْکَیْ» (فرورفتگی دیوار، تاقچه) آسی، «کُشْم/ کُمْش» (چاهکن، مقنی) ارمنی، «قومِش» (جای باز و گشاده) عربی،
واژههای مشتق از این ریشه هرچند اغلب رکیک و عامیانهاند، اما در شعر و ادب پارسی زیاد به کار گرفته شدهاند:
رودکی سمرقندی: «پیسی و ناسورکون و گربهپای خایهی غر داری تو چون اشتردرای»
سنایی غزنوی: « هرکه از دیدن تو خرم نیست باد در کونش کیر و در دل کارد»
و: «اي توانگر به کنج خرسندي زين بخيلان کنارهگير کنار»
اثیرالدین اخسیکتی: « وین تجمّلهای دزدیده ز وقف یکیک از کونِ زنت بیرون کشند »
سعدی شیرازی: « ای که همسنگ دوغ در کونات آب در مشک هیچ سقا نیست
بر سر بوق ما چرا نروی؟ مگرت خاطر تماشا نیست؟»
مولانای بلخی: « مائیم و گلیم و نمد کهنه و کنجى بر سر هوس جبه و دستار نداریم »
قاآنی شیرازی: ««ذکر خیر»ی که پیش ازینم بود از تو و رفتگان ملعونت
به دو فتحه فزون و یک «یا» کم باد تا روز حشر در کونت!»